У листі N 1646/5/20-3116 Державна податкова служба нагадала, що при самостійному виявленні платником податків заниження суми податкового зобов'язання
пеня нараховується на суму заниження і за увесь період заниження з розрахунку 120 відсотків річних облікової ставки НБУ, діючої на день заниження.
Крім того, податківці підкреслили, що згідно п.129.1 Податкового кодексу пеня нараховується в день настання терміну погашення податкового зобов'язання у разі виявлення його заниження на суму такого заниження і за увесь період заниження (у тому числі за період адміністративного і (чи) судового оскарження). При цьому, з урахуванням п.129.3 НК нарахування пені припиняється в день зарахування засобів на відповідний рахунок Держказначейства і (чи) в інших випадках погашення податкового боргу і (чи) грошових зобов'язань.
ДПС також вказала, що приклад нарахування пені у разі виявлення заниження податкового зобов'язання як контролюючим органом, так і платником податків, можна знайти в додатку 2 до Інструкції про порядок нарахування і погашення пені по платежах, які контролюються органами державної податкової служби, затвердженої наказом ДПАУ від 17.12.2010 р. № 953.