Наказом від 13.02.2013 р. № 48 ГТС припинила шляхом приєднання до Миндоходов такі спеціалізовані митні органи:
- Департамент розвитку митної інфраструктури і міжнародної співпраці;
- Департамент боротьби з контрабандою і митними правопорушеннями;
- Департамент митних інформаційних технологій і статистики;
- Департамент митного аудиту, аналізу і управління рисками;
Також припинено шляхом приєднання Автотранспортне митне господарство.
Встановлено, що вказані органи і митна організація виконуватимуть свої функції до окремого розпорядження.
Департаменту організації митного контролю і оформлення доручено забезпечити напрям пропозицій в Мінфін для внесення відповідних змін до Класифікатор митних органів, їх структурних підрозділів, митних організацій, спеціалізованих учбових закладів і науково-дослідної установи митної служби України.
