ВХСУ в листі від 22.01.2013 р. № 01-06/86/2013 роз'яснив, що вартість будь-якої послуги, роботи, товару включає ПДВ і наявність між сторонами суперечки про стягнення заборгованості за надані послуги, у тому числі і відносно правильності визначення позивачем вартості наданих послуг, не міняє правової природи стосунків між сторонами у справі, що виникли з господарського договору, саме як господарських. Отже, з урахуванням того, що позовні вимоги пов'язані з обгрунтованістю ціни за послуги, надані на підставі господарського договору, а також враховуючи, що сторонами в спорі виступають суб'єкти господарювання, відповідні спори підлягають розгляду господарськими судами.
Суд вказав, що в рішенні суперечок, пов'язаних із стягненням сум ПДВ, включених в суми збору і плати за послуги, які надаються в морських торгових портах, слід враховувати, що основою для звільнення від оподаткування ПДВ згідно с. 197 Податкового кодексу є підтверджене належними доказами здійснення судном міжнародного перевезення пасажирів, їх багажу, вантажів і міжнародних відправлень, перетин державного кордону України і відповідне митне оформлення.
У разі надання послуг, пов'язаних з транзитним перевезенням вантажівосновою застосування пункту 197.8 статей 197 НК, що звільняє від оподаткування операції з поставки послуг з перевезення (переміщенню) пасажирів і вантажів транзитом через митну територію України, а також по постачанню послуг, пов'язаних з таким перевезенням (переміщенням), - являється підтвердження того, що одній із сторін договору, на підставі якого надаються такі послуги, являється вантажовласник (одержувач транзитних послуг).
Відмічено, що належними доказами перевезення (переміщення) судами пасажирів транзитом через митну територію України є документи, що свідчать про перетин пасажирами судів державного кордону України з прибуттям з іноземного порту, заходом в декількох портів України і вибуття в іноземний порт і відомості, що містять, про попередніх і наступних після українських іноземних портах заходжень цих суден, кількості пасажирів. Факт надання послуг з перевезення (переміщенню) пасажирів транзитом через митну територію України, а також по постачанню послуг, пов'язаних з таким перевезенням (переміщенням), може підтверджуватися, зокрема, списками пасажирів з відмітками Держприкордонслужби про здійснення пограничного контролю і з відмітками про перетин державного кордону України, а також общими (генеральними) деклараціями по цих судах.
Крім того, вказано, що на товари (окрім підакцизних), які переміщаються транзитом морським і річковим транспортом в контейнерах і під час зберігання залишаються в межах одного пункту пропуску або зони митного контролю морського порту, вантажна митна декларація не подається; в той же час митне оформлення транзиту підакцизних вантажів будь-яким видом транспорту здійснюється виключно за умови надання митним органам вантажної митної декларації.
В той же час, враховуючи обов'язковість, зокрема, надання послуг з лоцманської проводки і регулювання руху судів при здійсненні транзитного перевезення пасажирів і вантажів через порти, ці послуги є пов'язаними з транзитним перевезенням, а значить, згідно з пунктом 197.8 ст. 197 НК звільняються від обкладення ПДВ. Таке звільнення від оподаткування здійснюється незалежно від наявності або відсутності вантажу на судні під час знаходження його в міжнародному рейсі і руху "у баласті" (без вантажу) до або з порту України для завантаження або вивантаження, перетину при цьому межі України і проведення митних процедур.