Указом від 20 січня 2016 року № 16 Петро Порошенко врегулював питання Представництва Президента України в Автономній Республіці Крим.
Згідно з Указом, Представництво Президента в АР Крим повинно активізувати у взаємодії з центральними органами виконавчої влади і органами місцевого самоврядування роботу відносно:
1) сприяння дотриманню прав і свобод людини і громадянина, зокрема вживати заходи по підтримці і забезпеченню політичних, соціальних, інформаційних, культурних і інших зв'язків з громадянами України, які проживають на тимчасово окупованій території;
2) здійснення моніторингу дотримання прав і законних інтересів громадян України, які переселилися з тимчасово окупованої території і знаходяться на території України на законних підставах, внесення пропозицій по припиненню, усуненню і попередженню обмежень і порушень прав і законних інтересів таких осіб;
3) вивчення соціально-економічних і політичних процесів на тимчасово окупованій території, підготовки відповідних аналітичних матеріалів і представлення їх на розгляд Президентові;
4) внесення пропозицій по підготовці проектів законів, актів Президента з питань захисту прав і законних інтересів осіб, які переселилися з тимчасово окупованої території;
5) участі в розробці стратегічних програм повернення тимчасово окупованої території під загальну юрисдикцію України;
6) інформувань громадськості про здійснення Президентом повноважень відносно забезпечення дотримання конституційних прав і свобод громадян України, які проживають на тимчасово окупованій території і переселенців.
Також оновлена структура Представництва Президента в АР Крим:
- Постійний Представник Президента в АР Крим;
- перший заступник Постійного Представника Президента в АР Крим;
- заступник Постійного Представника Президента в АР Крим - керівник Служби міжнародних зв'язків;
- Служба правового аналізу;
- Служба по роботі з громадянами, які переселилися з тимчасово окупованої території;
- Служба з питань реінтеграції і деоккупации АР Крим;
- Аналітично-інформаційна служба;
- Служба міжнародних зв'язків;
- Служба фінансового і матеріально-технічного забезпечення.
Гранична чисельність працівників Представництва Президента в АР Крим затверджена в кількості 28 штатних одиниць.
Крім того, Петро Порошенко визнав доцільним тимчасово розмістити Представництво Президента в АР Крим у місті Херсоніа також окремі структурні підрозділи Представництва для забезпечення оперативної взаємодії з центральними органами виконавчої влади, консультативними, дорадчими і іншими допоміжними органами і службами, утвореними при Президентові, - у місті Києві.
